“停止炮击！发旗语：令其降帆下锚，所有人员上甲板，放弃抵抗！”周振邦见胜局已定，果断下令。他并非嗜杀之人，此战目的在于震慑，而非歼灭。给予投降者生路，也更符合“天朝上国”的气度。

残存的葡萄牙船只依言照做。卡瓦略本人则在亲信拼死保护下，乘小艇狼狈逃向附近岛屿，不知所踪。

明军迅速控制局面，救治双方伤员，扑灭受损严重的“圣地亚哥”号上的余火，好在未沉没，并将俘虏集中看管。此战，明军以“飞云”号轻中弹数发，船体轻微受损但不影响航行，数人轻伤的代价，击沉一艘敌舰，重创俘虏两艘旗舰，毙伤俘敌近百，可谓大获全胜。

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“鹰嘴礁”海战的消息，如同长了翅膀，迅速传回望加锡港，引发了巨大震动。苏丹阿劳丁闻讯，惊愕良久。他原本预料会是一场两败俱伤或明军吃亏的冲突，没想到结果竟是如此一边倒。葡萄牙人不可战胜的神话，在明军犀利的新式火炮和巧妙的战术面前，轰然破碎。

当周振邦率领得胜之师，押解着俘虏和俘获的船只返回望加锡时，港口万人空巷。无数本地居民、商人涌向码头，目睹那面沾有硝烟却依旧猎猎飘扬的龙旗，以及那艘残破的葡萄牙旗舰，神情充满了敬畏与复杂。许多华商更是激动得热泪盈眶，他们感到，一个真正能庇护他们的强大力量，回来了。

周振邦第一时间派遣使者，向苏丹阿劳丁通报了战况，并强调此战乃迫不得已之自卫，明军始终秉持“人不犯我，我不犯人”之原则，对俘虏亦给予人道待遇。同时，他正式提出，希望与望加锡苏丹国就“建立长期友好通商关系、共同维护本海域航行安全”事宜，进行正式磋商。

这一次，苏丹阿劳丁的态度发生了显着转变。他不仅隆重接待了明军使者，更在次日主动邀请周振邦再次入宫详谈。席间，苏丹明确表达了对与大明开展直接、公平贸易的浓厚兴趣，并原则同意大明在望加锡设立“商务理事处”，负责管理明商事务、协调贸易、并提供一定安全保障。作为交换，他希望大明能提供一批“类似将军船队所用之精良火器”用于加强王宫卫队和港口防御，并愿意在关税上给予明商一定优惠。

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周振邦对此早有预案。他代表大明朝廷，原则接受设立理事处，但火器出售需报请朝廷批准，且需用于“正当防御”，不得用于对外侵略或内部镇压。他提出，可先由明军派遣少量教官，帮助训练望加锡士兵使用和维护现有武器，并允诺将望加锡的请求连同苏丹的善意，一并奏报朝廷。同时，他建议双方可先行订立一份《望加锡港临时贸易管理章程》，明确双方商人权利、义务、纠纷解决机制及共同维护港口安宁的责任。